Association analysis between malat1 rs3200401 single nucleotide polymorphism and bladder cancer development in Ukrainian population
Küçük Resim Yok
Tarih
2019
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Maltepe Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Introduction: Metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1 (MALAT1) is the long non-coding RNA (lncRNA) involved in transcriptional, post-transcriptional and epigenetic regulation of cell proliferation and differentiation. It was first established as metastasis prognostic factor for early stage non-small cell lung cancer, but modern studies indicate MALAT1 overexpression in various cancer types, particularly, in bladder cancer (BC). The aim of the research was to analyze the association between MALAT1 rs3200401 single nucleotide polymorphism (SNP) and BC development in Ukrainian population. Materials and Methods: Venous blood of 141 patients with diagnosed BC and 100 control subjects was used for genotyping. The rs3200401 SNP variants were detected by Real-time PCR using 7500 Fast Real-time PCR System (Applied Biosystems, Foster City, USA) and Taq-Man Assays (TaqMan®SNP Assay C_3246069_10). Statistical calculations were realized in the Statistical Package for Social Science software (SPSS, version 17.0, Chicago, IL, USA) and P < 0.05 was considered as significant. Results: Using the binary logistic regression it was found that T-allele carriers had the lower risk of BC development compared to CC-genotypes (Pc = 0.008; ORc = 0.475, 95% CI = 0.274 – 0.825) according to the dominant model of inheritance. Moreover, CT-genotypes had lower probability of BC emergence in comparison with CC-genotypes (Pc = 0.024; ORc = 0.504, 95% CI = 0.278 – 0.914) in the additive model. After the adjustment for age, sex and smoking the statistically significant association was preserved in both dominant (Pa = 0.018; ORa = 0.504, 95% CI = 0.286 – 0.889) and additive (Pa = 0.045; ORa = 0.534, 95% CI = 0.289 – 0.987) models of inheritance. Discussion: It was found the significant protective effect of MALAT1 rs3200401 T-allele against BC development in Ukrainian population.
Giriş: Metastazla ilişkili akciğer adenokarsinom transkripsiyon 1 (MALAT1), hücre çoğalmasının ve farklılaşmasının transkripsiyonel, transkripsiyonel ve epigenetik düzenlemesinde yer alan uzun kodlayıcı olmayan RNA’dır (lncRNA). İlk olarak küçük hücreli dışı akciğer kanseri için erken evrede metastaz prognostik faktör olarak kurulmuştur, ancak modern çalışmalar çeşitli kanser türlerinde, özellikle mesane kanserinde (BC) MALAT1 aşırı ekspresyonunu göstermektedir. Araştırmanın amacı, MALAT1 rs3200401 tek nükleotid polimorfizmi (SNP) ile Ukrayna popülasyonunda BC gelişimi arasındaki ilişkiyi analiz etmektir. Materyal ve Metodlar: Genotiplendirme için BC tanısı alan 141 hastanın ve 100 kontrol grubunun venöz kanı kullanıldı. Rs3200401 SNP varyantları, Real Time PCR Sistemi; 7500 Fast Real-time PCR System (Applied Biosystems, Foster City, ABD) ve Taq-Man Assays (TaqMan®SNP Assay C_3246069_10) kullanılarak Real Time PCR ile tespit edildi. İstatistiksel hesaplamalar Sosyal Bilimler Yazılım İstatistik Paketi’nde (SPSS, sürüm 17.0, Chicago, IL, ABD) yapıldı ve P <0.05 anlamlı olarak kabul edildi. Sonuçlar: İkili lojistik regresyon kullanılarak, T-allel taşıyıcılarının, baskın kalıtım modeline göre CC-genotiplerine göre (Pc = 0.008; ORc= 0.475, % 95 CI= 0.274 - 0.825) karşılaştırıldığında BC gelişme riskinin daha düşük olduğu tespit edildi. Ayrıca, CT genotipleri, polimorfik modelinde CC genotiplerine kıyasla daha düşük BC ortaya çıkma olasılığına sahiptir (Pc = 0.024; ORc = 0.504, % 95 CI = 0.278 - 0.914). Yaş, cinsiyet ve sigara kullanımına göre gruplandırdıktan sonra, istatistiksel olarak anlamlı ilişki, hem baskın (Pa = 0.018; ORa = 0.504, % 95 CI = 0.286 - 0.889) hem de polimorfik modelinde (Pa = 0.045; ORa = 0.534, 95% CI = 0.289 - 0.987) korunmuştur. Tartışma: MALAT1 rs3200401 T-alelinin Ukrayna popülasyonunda BC gelişimine karşı önemli koruyucu etkisinin olduğu bulundu.
Giriş: Metastazla ilişkili akciğer adenokarsinom transkripsiyon 1 (MALAT1), hücre çoğalmasının ve farklılaşmasının transkripsiyonel, transkripsiyonel ve epigenetik düzenlemesinde yer alan uzun kodlayıcı olmayan RNA’dır (lncRNA). İlk olarak küçük hücreli dışı akciğer kanseri için erken evrede metastaz prognostik faktör olarak kurulmuştur, ancak modern çalışmalar çeşitli kanser türlerinde, özellikle mesane kanserinde (BC) MALAT1 aşırı ekspresyonunu göstermektedir. Araştırmanın amacı, MALAT1 rs3200401 tek nükleotid polimorfizmi (SNP) ile Ukrayna popülasyonunda BC gelişimi arasındaki ilişkiyi analiz etmektir. Materyal ve Metodlar: Genotiplendirme için BC tanısı alan 141 hastanın ve 100 kontrol grubunun venöz kanı kullanıldı. Rs3200401 SNP varyantları, Real Time PCR Sistemi; 7500 Fast Real-time PCR System (Applied Biosystems, Foster City, ABD) ve Taq-Man Assays (TaqMan®SNP Assay C_3246069_10) kullanılarak Real Time PCR ile tespit edildi. İstatistiksel hesaplamalar Sosyal Bilimler Yazılım İstatistik Paketi’nde (SPSS, sürüm 17.0, Chicago, IL, ABD) yapıldı ve P <0.05 anlamlı olarak kabul edildi. Sonuçlar: İkili lojistik regresyon kullanılarak, T-allel taşıyıcılarının, baskın kalıtım modeline göre CC-genotiplerine göre (Pc = 0.008; ORc= 0.475, % 95 CI= 0.274 - 0.825) karşılaştırıldığında BC gelişme riskinin daha düşük olduğu tespit edildi. Ayrıca, CT genotipleri, polimorfik modelinde CC genotiplerine kıyasla daha düşük BC ortaya çıkma olasılığına sahiptir (Pc = 0.024; ORc = 0.504, % 95 CI = 0.278 - 0.914). Yaş, cinsiyet ve sigara kullanımına göre gruplandırdıktan sonra, istatistiksel olarak anlamlı ilişki, hem baskın (Pa = 0.018; ORa = 0.504, % 95 CI = 0.286 - 0.889) hem de polimorfik modelinde (Pa = 0.045; ORa = 0.534, 95% CI = 0.289 - 0.987) korunmuştur. Tartışma: MALAT1 rs3200401 T-alelinin Ukrayna popülasyonunda BC gelişimine karşı önemli koruyucu etkisinin olduğu bulundu.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Kaynak
Maltepe Üniversitesi Uluslararası Öğrenci Kongresi
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
Sayı
Künye
Chumachenko, Ya. ve Volkohon, A. (2018). Association analysis between malat1 rs3200401 single nucleotide polymorphism and bladder cancer development in Ukrainian population / Ukrayna popülasyonunda malat1 rs3200401 tek nukleotid polimorfizmi ve mesane kanseri gelişimi arasındaki ilişki analizi. Maltepe Üniversitesi Uluslararası Öğrenci Kongresi. s. 33-34.
